при настройке катушки П контура приходилось увеличивать на 1-3 витка от расчётной индуктивности. Получается это короткозамкнутая часть катушки так влияет?
Совершенно верно.
Посмотрите на этот рисунок, на который ссылался
SYN
Направление вектора магнитной индукции первого контура определяется по правилу правой руки, или правило буравчика, если замкнуть вторую катушку, то ток, индуцированный полем первой катушки по тому же правилу будет направлен в другую сторону. Если второй контур сделать замкнутым кольцом из сверхпроводника, то магнитный поток через второй контур будет равен 0.
В уравнениях Максвелла всё согласовано с Законом сохранения энергии, знаки в формулах правильные. Если бы было наоборот, то поле само себя разгоняло бы и мы получили бы перпетуум мобиле