Правда мощность сильно ниже...

Про 100Вт и не говорится. И простыми фильтрами третью гармонику при выходной мощности 1-2 кВт как тут обсуждается не задавить. Конечно можно на этот вопрос "положить" прибор......Но думаю что это не наш метод.

фнч с эллиптикой так, что бы полюса попадали  как раз в гармоники любительской полосы.

С эллиптическими тоже есть вопросы.
Вторая гармоника в правильно построенном усилителе уже имеет уровень -40дБ или лучше (до ФНЧ) .
Так что только третья.
Проще увеличить количество звеньев .Или рассмотреть диплексер фильтр.

И в тоже время если эксплуатируется SSPA  с выходной мощностью более 1кВт соответственно надо применять и ФНЧ с требуемым затуханием побочных излучений.

Так обычно и обеспечивают ФНЧ не хуже -60 дБ для любой из гармошек. Если сильно хуже, явно пролаз минуя фильтра. У себя, по уровню -70-80 дБ, я вообще никаких гармошек не вижу. Правда мощность сильно ниже...

Видна только 3-я гармоника уровнем -35 -40 Дб относительно 1-ой.

А -35-40 дБ, это прямо на выходе платы УМ, или после ФНЧ? Если прямо на выходе УМ, то просто отлично. Если после ФНЧ, так ощущение что у вас включен не тот диапазон. Даже двух контурные ФНЧ придавят 3 гармонику на 50-60 дБ, в дополнение к -15-20 дБ, которые присутствуют на выходе с платы.
 Это АЧХ реального трёх контурного ФНЧ. Подавление 3 гармоники под 80 дБ, и определяется в основном пролазом сигнала минуя фильтр. То что получилось у вас, если это конечно измерения после ФНЧ, в хорошем УМ неприемлемо.

Приобрел имп. бп NES 350-12.Слышу довольно мощную помеху. Намотал выходные провода на кольцо. Заземляю корпус. Помогает, но  не очень. Может кто имеет опыт в этом деле, помогите. Трансивер -IC 730.

Вот  такая реальность 
Пс: по итогу 27 тр за платы взял резонит